1、Etienne Becht等人2019年在Nature Biotechnology上发表一篇文章将其应用在生物学数据上并阐述了UMAP在处理单细胞数据方面的应用和优势。 如果你不知道tSNE是什么，它是如何工作的，也没有读过2008年的革命性的van der Maaten & Hinton原稿，可以参考我的那文章 10X单细胞（10X空间转录组）降维分析之tSNE（算法基础知识） 。
2、在单细胞转录组的降维方法中，PCA和UMAP是两个备受瞩目的工具。PCA，就像医学术语中的“预处理”，通过线性降维，去除噪声，通常保留10到30个维度。尽管丢失了一些信息，但这些维度组合起来足以描绘单细胞数据的内在结构。
3、X Genomics提供的空间转录组数据和单细胞数据联合分析主要涉及以下几种主流方法：共表达分析：使用共表达网络分析（WGCNA）或其他相关性分析方法，识别在不同细胞类型或组织区域中共同表达的基因。空间映射和细胞类型注释：使用单细胞数据对空间转录组数据中的细胞进行类型注释。
单细胞测序技术以单个细胞作为对象，通过对单个细胞遗传物质均匀扩增，标记建库后进行测序，最后对单个细胞基因组或转录组展开数据分析，其技术原理主要包括单细胞分离、扩增测序和数据分析3方面。
x5端测序原理：在10XGenomicsChromium的8通道的微流体“双十字”交叉系统中，GelBeads与细胞/酶的混合物在第一个十字交叉口结合，然后在第二个十字交叉口，油将GelBeads与细胞/酶的混合物包裹起来，形成油包水结构，即GEM（GelBeads-in-emulsion）。
10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术原理 为同时获得同一细胞的转录组和表观组，10x Genomics单细胞多组学ATAC+基因表达技术首先利用Tn5转座酶对细胞核悬液进行核DNA转座，Tn5转座酶优先切割开放染色质区域中的核DNA。
X Genomics与其他测序技术的主要区别在于其 barcode和建库 的操作。虽然上样之后都是自动化操作，但了解其建库原理对后续的生物信息学分析也是有必要的。
单细胞（single cell）分选平台比较（10X Genomics，BD Rhapsody，Fluidigm C1）那么问题就来了：从上图中我们可以看到，2010年-2014年之间，单细胞测序领域采用的主流技术的细胞通量都在100以内，哪怕是最为先进的Fluidigm C1平台也是如此。
CellRanger假设真实细胞文库大小变化在10倍以内，用期望的细胞数目估计区间的分布。液滴型单细胞测序平台各有优缺点，适用于不同应用。总体来说，10X Genomics的Chromium系统比Drop-seq或inDrop表现更强大，其技术噪音最小，稳定性最高。
X Genomics 是一个综合的单细胞测序技术平台，可以应用于多种单细胞测序上，包括Single cell gene expression， Single cell Immune Profiling， Single cell CNV， Single cell ATAC。这篇文章将主要简述10X Genomics在 单细胞基因表达 检测方面，也就是scRNA-seq上的应用。
单细胞RNA测序（scRNA-seq）提供了高分辨率分析基因表达和构建复杂器官或生物体发育图谱的机会。最近，10x Genomics scRNA-seq平台已被广泛用于鉴定拟南芥根中的细胞类型或结构域标记（Rich Griffinetal.，2020），但该技术在茎组织中的应用还受到限制。
大家好，让我们聚焦于最新的科研突破！在Nucleic Acids Research（NAR）的最新动态中，一款名为CeDR Atlas的单细胞药物应答图谱数据库引起了广泛关注。这个数据库，凭借其强大的功能，已经成为了今年国自然研究的热门之选。接下来，让我们深入了解这款数据库的魅力，看看它是如何在药物反应领域引领潮流的。
进化自然论的自然标准有两个方面：地球生物（包括人类）与环境的相互依存，具有生命可持续繁衍的属性，生生不息是地球自然的象征；地球生物（包括人类）与环境的相互作用，符合生物进化良性发展的整体规律。 人类对自然的认识迄今为止共有3种主要观点：一是自然终结论；二是自然有机体论；三是进化自然论。
从数据采集、抽样到具体分析时的验证探索和预测都要用到统计学。社会学技能——从社会化角度看，人有社会性，收群体心理的影响。数据分析师没有社会学基本技能，很难对市场现象做出合理解释。另外，最好还能懂得财务管理知识和心理学概况。这些都将会使你做数据分析的过程更容易。
网络营销具体方法：SEO/SEM 搜索引擎是Google、Yahoo等网站的核心技术，它既给网络带来了客流量，又增加了了解消费者的可能性。搜索引擎广告可以通过关键词搜索和数据库技术把用户输入的关键词和商家的广告信息进行匹配，广告可以显示在用户搜索结果页面的一侧，也可以显示在搜索结果中。
本文简要介绍Drop-seq实验的原理及数据分析工具Drop-seq_tools流程要点。Drop-seq主要核心部件为增压装置及液滴微流控合成装置，原理利用压力将磁珠，细胞，矿物油三种材料，压到微通道里，实现三个物质混成一个大液滴完成单细胞分离标记，完成后续建库。
微流控设备的出现使其作为分离细胞的首选技术，因为它们相对于FACS和其他以前使用的方法需要较小体积的试剂。在微流控器件中，流体动力通量允许在几十微米到几百微米的通道中隔离和处理单胞，因此可以与单胞的大小相媲美。此外，微流控设备还可以使一些下游RNA处理反应自动进行测序，并允许测量和控制细胞外试剂浓度[30]。
原理：首先，将待研究的细胞与裂解液，MNase混合进行染色质消化，另外设计一个包含很多种不同接头的液滴，在微流控装置上反应，使得每一个细胞液滴与一种接头液滴混合，同时与含有DNA连接酶的buffer液滴混合。