免费的代谢组数据分析软件有哪些

1、说起代谢组数据分析软件，可能大家第一个想到的就是SIMCA-P。SIMCA-P （http：//umetrics.com/products/simca）软件是由Umetrics公司在1987研究开发，目前是一款公认的多元变量统计分析软件，被绝大多数代谢组服务提供商所采用。

2、这个镜像除了进行格式转换的msconvert之外，还有skyline软件。skyline是一个是由美国华盛顿大学MacCoss实验室开发的windows版本的免费工具，主要用于质谱的数据分析。这里我们只需要使用msconvert。如果有兴趣可以自行到其官网进行了解。

3、markerlynx是基于masslynx上的一种数据处理软件，主要是应用于代谢，代谢组学，找代谢物很方便，设好方法就很好用。

代谢组学的研究方法和研究流程

1、先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。

2、代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

3、一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。

4、代谢组学和中医中药的哲学观相吻合，代谢组学是研究中药最好的选择。研究中药这种复杂混合物的毒性，代谢组学是最好的方法，选择不同产地、不同数量、不同组分的中药，做出代谢组图，根据组成变化与毒性、药效相对应，就可把有效的成分最大化，把有毒的东西剔除。

代谢组学细胞样本收集

针对 悬浮细胞、 贴壁细胞 等来自培养基培育的细胞，需要考虑到培养基和 细胞体 的分离，且要考虑到收集完成后细胞内部的代谢活动是否继续，基于这种因素，一般细胞样本在收集过程中，需要增加淬灭这一步骤。

离心：将血液样本在4°C下进行离心（例如，3000 g，10分钟），以分离血浆或血清。血浆：抽血后，立即在4°C下离心（例如，3000 g，10分钟）以分离血浆。血浆位于管子顶部，应小心转移以避免扰动红细胞。

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品（如尿液、血液、组织、细胞和培养液等）采集后进行生物反应灭活、预处理。

收集细胞没收集完全细胞会导致细胞破碎从而影响代谢组学分析过程。细胞不同于其他的样本，它的代谢物丰富但含量较低且不易收集或收集不完全，因此需要一种有效可靠的处理方法来获得更为全面的代谢物信息。

数据库，如METLIN、HMDB和NPACT等，就像是知识的宝库，为鉴定化合物提供宝贵信息。GMD、MassBank、BiGG、NIST、FiehnLib、SMPDB和PubChem等，则为不同角度的代谢研究提供了详实的资源。

血清和血浆样本都被广泛用于代谢组学研究，整体而言，血清和血浆的代谢物种类差异不大，但是多数代谢物在两种样本中浓度差异较大。只要确保样本收集过程的一致性。同一个项目使用的样本一致（都是血浆或都是血清），由于血清样本需要时间去凝结，尤其要注意尽可能保证所有样品凝血时间的一致性。

代谢组学原始数据格式转换-proteowizard

1、proteowizard支持被转换的格式如下：proteowizard有Windows、mac和linux版本。但是对于直接安装的linux版本，没有格式转换的功能。需要转换供应商的（vendor）格式的话，可以使用其安装了window版本（通过wine来执行）的docker镜像。镜像拉取 这个镜像除了进行格式转换的msconvert之外，还有skyline软件。